Pré-requis

Avant toute chose il faut installer PDF toolkit :

sudo apt-get install pdftk

Rotations

Rotation de 90° à gauche d'un PDF et enregistrement dans un autre document

pdftk origin.pdf cat 1-endW output rotated.pdf

Rotation de 90° à droite d'un PDF et enregistrement dans un autre document

pdftk origin.pdf cat 1-endE output rotated.pdf

Rotation de 180° d'un PDF et enregistrement dans un autre document

pdftk origin.pdf cat 1-endS output rotated.pdf

Sécurité

Crypter un PDF avec le mot de passe secret :

pdftk fichier.pdf output fichier_protege.pdf owner_pw secret

Et décryptage :

pdftk fichier_protege.pdf input_pw secret output fichier.pdf

Manipulation

Retirer une page d'un PDF (disons la 13):

pdftk fichier.pdf cat 1-12 14-end output fichier_sans_page_13.pdf

Concaténer plusieurs PDF en un :

pdftk *.pdf cat output ../Final.pdf

Références

<a href="http://www.pdflabs.com/docs/pdftk-cli-examples/" target"=_blank">pdflabs (en anglais)
pdftk man page (en anglais)